Точной даты основания Спасо-Преображенской церкви не известно. Первое упоминания о храме относятся к XV в. — под 1460 г. в духовной Адриана Ярлыка.(АЮБ, I, 553). В летописях не упоминается. В ружной книге 1677 г. церковь называется «Преображения Господня на Глинищах» (ДАИ, IX, 323).
В 1776 году на пересечении Лубянского пр., 17 и Спасо-Глинищевского Малого пер., 2 начались работы по сносу обветшавшей старой каменной церкви и строительству новой под руководством архитектора В.И. Баженова. Храм выполнен в лучших традициях архитектуры Баженова. Это была ротондальная церковь с трапезной и четырехярусной колокольней, пристроенные в середине XIX века.
В 1780 г. в Преображенской церкви были освящены теплые приделы великомученицы Екатерины и Покрова Богоматери. В 1802-м освящен главный престол. Церковь называлась «На Глинишах» (на Глинищах) потому, что была построена на глинистом грунте.
Храм разрушен в начале тридцатых годов прошлого века. В 1934-1937 годах на месте церкви арх. А.И. Ефимов строит многоквартирный дом, носивший название «дома летчиков».
Существовавший ранее храм Спаса Преображения, что на Глинищах находился между Маросейкой и Солянкой, Лубянский проезд; упоминается грамоте Ярлыка 1460 г. В Строельной книге 1657 г. значится каменной. От 1690 г. известно о приделе вмц. Екатерины. В 1744 г. надстроен был придел св. Евдокии.
Большой трехпрестольный храм прекрасной архитектуры выстроен коммерции советником Уваровым в 1774-80 гг.
Вместо св. Евдокии третий престол назван Покрова Пресвятой Богородицы по имени разобранной в 1777 г. особой церкви, которая находилась от Спасской в 45 саж. и обозначалась «что на Покровке у решетки». Эта Покровская церковь упомянута в летописях под 1488 г. с именем «Покрова на Садах». В ладанной книге 1585 г. под 24 января упомянут «Слобоцкий Покрова Пресвятой Богородицы протопоп». С 1616 г. церковь была каменной, в верхнем этаже имела престол св. Троицы.
Александровский М.И. «Указатель древних церквей в местности Ивановского сорока» Москва, «Русская Печатня», Б. Садовая, дом 14, 1917 г.
