Часовня была заложена на Московском проспекте (сейчас — Ленинский) в 1868 году в память спасения от покушения императора Александра II во время его пребывания в Париже. В 1872 году работы по её сооружению были завершены, а сама часовня освящена. Она стояла напротив пожарного депо посередине бульвара. Во время благоустройства проспекта вокруг культового сооружения возвели ограду и выкрасили крышу в шахматный цвет.
Согласно снимкам из фондов Алтайского государственного краеведческого музея, в северо-западной части часовни находилась икона святого Александра Невского, а в юго-западной — святителя Николая Чудотворца. 12 июля 1908 года по обращению настоятельницы Барнаульского Богородице-Казанского женского монастыря городская дума постановила предоставить Александро-Невскую часовню Барнаульскому Богородице-Казанскому женскому монастырю во временное ведение.
Судьба этого памятника архитектуры в советский период похожа на судьбу других церковных строений Барнаула. На карте 1923 года часовня помечена как действующая. А начиная с 1930-х годов здание исчезло из документов. С него сняли купол и крест, постройку приспособили под бытовые нужды. До начала 1950-х годов в ней размещалась водопроводная колонка.
21 декабря 1951 года вышел приказ Управления по делам архитектуры при Совмине РСФСР № 233 «По проекту детальной планировки и застройки проспекта Ленина в Барнауле», в пункте 9 которого предусмотрен постепенный снос 1-2-этажных ветхих каменных зданий. В результате часовню снесли.
В 2002 году начаты проектные работы по воссозданию часовни Александра Невского как памятника архитектуры. Проект реконструкции разработал барнаульский архитектор Александр Деринг по старинным фотографиям. Проект благословил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Росписью занимался барнаульский иконописец Игорь Углев. Особенность росписи в том, что кроме Александра Невского и других святых воителей России, здесь изображены и алтайские святые, которых Христианская церковь канонизировала в 2000 году.
12 сентября 2006 года в Барнауле в день памяти святого князя Александра Невского и его сына Даниила Московского состоялся молебен, который совершил епископ Барнаульский и Алтайский Максим в честь открытия часовни.
http://barnaul.amic.ru/134/