Пантелеймоновская церковь в селе Балыктуюль построена в 1899 году усердием местных учителей (их имена не сохранились). Церковь была освящена 24 июля 1899 года епископом Бийским. При храме имелся дом для священника и другие хозяйственные постройки. В 1929 — 1939 г.г. во времена гонения на церковь, храм был закрыт и частично разрушен, купола были заменены обычной крышей. В 1957 — 58 годах он был преобразован под клуб, в 1968 году его превратили в складское помещение для зерна, а с 1980 до 1993 года в помещении был краеведческий музей трудовой и боевой славы совхоза «Советский Алтай».
С апреля 1993 года в селе была организована приходская община, которая обратилась к администрации совхоза с просьбой вернуть верующим здание храма (многие годы верующие ездили креститься и праздновать великие праздники в г. Бийск). 21 июля 1993 года община была зарегистрирована. С 7 августа 1993 г., спустя 63 года после закрытия и разрушения, в Пантелеймоновской церкви стали совершаться богослужения. Храм восстанавливался общими усилиями жителей всего Улаганского района. В апреле 1997 г. храм с Божьей помощью был завершен и украшен прекрасной орнаментацией. В августе 2005 года здание церкви (предположительно — в результате поджога) сгорело. Из икон удалось спасти всего несколько: Распятие с предстоящими, Николая-Угодника, Пантелиимона. Прихожане очистили пепелище, возвели новый фундамент, и новое строительство началось весной 2006 года.
Село Балыктуюль расположено в высокогорном Улаганском районе. Население — алтайцы. Настоятель прихода — игумен Макарий (Чулунов) — местный уроженец. Богослужение совершается на церковно-славянском и алтайском языках.
Пантелеимоновский приход существовал ещё до революции. Документов о приходе в архивах не найдено. Есть краткие сведения о приходе. По этим данным, храм в Пантелеимоновском приходе был построен 1899 г. тщанием учителей. По рассказам местных жителей, в строительстве храма участвовал местный зайсан Юлуков. Освящен храм 24 июля 1899 г. епископом Бийским. Здание деревянное с колокольней. Престол один. Миссионерский стан открыт указом Синода 14 марта 1905 . (№2735). Расстояние от консистории 958 верст, от Миссии 500 верст. В местности Балыктуюль при самой церкви в 1905 г. открыта миссионерская школа.
После революции примерно в 1930 г. храм был закрыт. Верхнюю часть храма разрушили, переделали, в начале,в бывшем храме устроили клуб, потом сделали склад для зерна, последнее время перед открытием храма в нем находился музей. По просьбе жителей села в 1993 г. здание храма вернули верующим. В том же году была образована и зарегистрирована община. В июле 1993 г. настоятелем был назначен иеромонах Макарий. 8 июля 1993 г. была совершена первая Литургия. В 1994 г. начали восстанавливать храм, и 1997 г. вошли в восстановленный храм. В этом храме прослужили до 2005 г. В ночь с 17 на 18 августа в результате поджога храм сгорел. С лета 2006 г. начали строить новый храм. С лета 2008 г. начали служить в новом храме.
Храм деревянный двухпрестольный, главный придел в честь Святаго Великомученика и целителя Пантелеимона, боковой придел с северной стороны в честь Святителя Николая Чудотворца.
