Балтский монастырь имеет прекрасное историческое наследие связанное с его основателем, святым праведным Феодосием Левицким, мощи которого и почивают в святой обители. Еще при жизни о.Феодосия на этом месте стоял странноприимный дом для нищих. Это была врачебница душевная и телесная для нуждающихся. После смерти о. Феодосия (1846 г) на месте его дома была построена Церковь в честь Покрова Божией Матери и в 1907 году учрежден Святейшим Правительствующим Синодом РПЦ в г. Балте мужской монастырь. Это было место паломничества к мощам святого Феодосия Балтского, и оплот Православия Подольской Губернии. В дореволюционное время обитель процветала, славилась своим великолепием и убранством. В монастыре было более 100 насельников (братии), хозяйственный двор, виноградники и большое подсобное хозяйство с землёй.
В 1923 году по распоряжению советов Покровский монастырь был закрыт, храм разграблен, а братия обители была разогнана и вывезена в одну ночь в неизвестном направлении. В 1942 году благодаря Румынской Духовной Миссии монастырь снова открыли. Большая часть территории, а именно жилые корпуса и хоз двор перешли в собственность военного госпиталя. В военное время обитель уже не имела такого благолепия, но монастырская жизнь продолжалась, совершались Богослужения и каждый приходящий мог найти здесь утешение и благодатную помощь.
В 1961 году жемчужину православия снова закрывают. В храме расположилась спортивная школа, а остальную территорию поделили городские власти и раздали населению. Дух веры и святости никогда не покидал благодатный храм Покрова Божией Матери. Сотрудники спортивной школы и люди, которые там когда-то занимались спортом, рассказывают потрясающие вещи. Многие видели святых ангелов во время занятий, другие слышали церковное пение, а трети видели проявляющиеся иконы на потолке. Не может укрыться светильник горящий на верху горы, говорит Священное Писание, подобно тому и Свято-Покровский монастырь не мог оставаться поруганным.
Спустя 50 лет обитель снова открылась и затеплилась монашеская молитва. Епархии монастырь был передан в ужасном состоянии и немногочисленной братии пришлось самостоятельно начинать первые восстановительные работы. В 2007 году по представлению Митрополита Одесского и Измаильского Агафангела решением Священного Синода УПЦ был открыт монастырь и назначен первый наместник архимандрит Виктор (Быков), но здания не были возвращены и судебный процесс затянулся на три года, лишь в ноябре 2010 года Одесской епархии монастырь был передан.
20 октября 2012 года по благословению Священноархимандрита обители Высокопреосвященнейшего Митрополита Одесского и Измаильского из Свято-Успенского собора г. Балты в Свято-Покровский Балтско-Феодосиевский мужской монастырь были торжественно перенесены мощи святого праведного Феодосия Левицкого. В 2012 году Одесская епархия была разделена на две самостоятельные. Город Балта стал архиерейской кафедрой Балтской и Ананьевской епархии, а Покровский монастырь резиденцией правящего архиерея. По представлению Высокопреосвященнейшего Алексия Архиепископа Балтского и Ананьевского -Священноархимандрита обители в 2013 году Священным Синодом УПЦ наместником монастыря был назначен первый насельник и помощник наместника архимандрит Андроник (Христофор).
22 марта 2013 года состоялось торжественное освящение главного храма обители в честь Покрова Божией Матери. Чин освящения и Божественную Литургию возглавил Высокопреосвященнейший Савва Архиепископ Тираспольский и Дубосарский в сослужении Архиепископа Балтского и Ананьевского Алексия и Епископа Перврмайского и Вознесенского Алексия. В 2013 году трудами братии обители установлен центральный купол и построены святые ворота-главный вход в монастырский комплекс.
