Знаменская каменная церковь находится недалеко от варниц, на Большой улице, ведущей от крепости к Ярославскому выезду. В этой церкви соединены две – Пятницкая и Воздвиженская. Первая, существовавшая в начале XVII ст. и находившаяся на берегу Волги, была холодная деревянная. В описи 1674 г. говорится, что она «ветха, у той церкви олтарь подмыло Волгою, что по челобитью той церкви попа Федора и прихожан под ту церковь дано иное место». Церковь была украшена довольно богато. При ней была церковь теплая деревянная Тихона чудотв., колокольни не было, а на часовне висел один колокол.
В половине XVII ст. казначей патриарха Никона Тихон Обанин, родом из Балахны, построил новую теплую церковь во имя Знамения Богородицы с приделом св. Тихона и колокольню с 4 колоколами. Перенесенная на другое место церковь Знаменская сгорела 13 февраля 1745 г. После этого богатый солепромышленник и поставщик казенных вещей в С.-Петербурге балахнинский купец Петр Семенович Латухин купил место для церкви и построил в 1748 г. каменный храм во имя Знамения Богородицы с приделом Параскевы Пятницы, по храмозданной грамоте Владимирского архиепископа Антония. К этой-то церкви, по причине уменьшения народонаселения, была приписана в 1795 г. церковь Воздвиженская, рядом с ней находящаяся. Она прежде была на берегу Нетечи, деревянная, с приделом Казанской иконы Божией Матери и с колокольнею. В половине XVII ст. построена новая деревянная о пяти главах, старая же Казанская церковь осталась теплою и так как она была ветха, то построена была еще теплая церковь муч. Артемия.
В начале XVIII ст. на месте этих трех храмов построена каменная Воздвиженская церковь с приделом во имя Божией Матери в честь иконы ее Казанской. В 1748 г. при Знаменской церкви было 26, а при Воздвиженской 29 дворов. Теперь при этих соединенных церквах штат один, прихожан 208 душ муж. пола и 261 жен. В эту церковь бывает крестный ход из собора 8 июля.
Записки императорского археологического общества, том Х, Санкт-Петербург, в синодальной типографии, 1857 г. Макарий (Миролюбов Н.К.). Памятники церковных древностей в Нижегородской губернии / соч. архим. Макария. — СПб., 1857.
Храм в честь иконы Божией Матери «Знамение» построен в 1757 году на средства купца 1-й гильдии, бургомистра г. Балахны П. С. Латухина. После закрытия храма в марте 1926 года в нем располагались музей, общежитие, молокозавод, суши-бар.
8 августа 2013 года здание было передано Русской Православной Церкви, а уже 19 августа состоялась первая Божественная литургия, совершенная настоятелем протоиереем Николаем Хазовым. С этого времени богослужения и требы совершаются в храме регулярно. Восстановительные работы и освящение храма относятся к 2014 году. С апреля по декабрь иконописцы епархиальной мастерской проводили внутреннюю роспись. В сентябре были установлены подкупольный барабан и купол, а 4 октября – крест. 25 декабря состоялся чин Великого освящения, который возглавил митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий.
