Построенный в 1896 году храм был закрыт и снесен в 1925 году. На его месте был выстроен Сабунчинский вокзал. В 1926 году был открыт нынешний собор. Именно он в конце 1930-х годов был закрыт и использовался как казарма, а затем вновь открыт и действует доныне.
«К сведению православного и всего христианского населения г. Баку. 28 сего апреля, в Великую Среду, состоится торжество освящения вновь созданного храма во имя Рождества Пресвятыя Богородицы (Верхне-Приютская, между Ремесленной и Станиславской). Чин освящения совершит высокопреосвященнейший митрополит Петр. Звон к освящению в 10 утра» («Бакинский рабочий» , 26 апреля 1926 года).
Так, с этого объявления, почти буднично, начала свою вторую жизнь церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы 28 апреля 1926 г. Ранее церковь Рождества Пресвятой Богородицы располагалась на Станиславской улице (пр-те Ленина/Азадлыг). Но она была снесена при строительстве на её месте Сабунчинского вокзала первой электрифицированной железной дороги в Советском Союзе. Церковь была вновь построена и открыта по новому адресу, по которому она находится и поныне.
В апреле 1937 года Рождественская церковь была единственной действующей церковью на весь город и округу. Но вскоре и она была закрыта и использовалась в качестве казармы для военных.
В 1944 г. здание Рождественской церкви было передано Русской Православной Церкви, а храму был присвоен статус «Кафедрального собора Ставропольско — Бакинской епархии». В 1946 г. трудами благочинного православных церквей Азербайджана протоиерея Сергия Казанского к собору был пристроен придел в честь преподобного Сергия Радонежского. В 1997 г. собор посетил Святейший Патриарх-Католикос всея Грузии Илия II. Заботами Преосвященного Епископа Бакинского и Прикаспийского Александра с 1999 г. по 2001 г. храм был реконструирован. Во время своего первого визита в Азербайджан 26 мая 2001 г., собор посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
Примечания: соответствие названий улиц: Верхнеприютская — Кецховели — Академика Шамиля Азизбекова; Ремесленная — Солнцева — Академика Мир-Али Кашкая; Станиславская — Народов Востока — Ленина — Азадлыг.
С.П. Колтунов. Литература: Газета Бакинский рабочий, 26 апреля 1926 г.; Сайт Бакинско-Азербайджанской епархии; Сайт фонда «Русское православие»; Источник: http://www.ourbaku.com/index.php/Собор_Рождества_Пресвятой_Богородицы._Баку