История храма тесно связана с историей местных (расквартированных в Баку) войск. В своей книге «История церквей и приходов Бакинской губернии», опубликованной в 1906 году, протоиерей Александр Иванович Юницкий, говоря про церковь Сальянского полка (бывшую Флотскую), отмечал: «когда возведено здание и кем церковь освящена, об этом в церковном архиве сведений не имеется. В храме один престол. Он посвящен Св. Архистратигу Божию Михаилу».
По данным, взятым из статистических сведений города Баку, можно полагать, что церковь была построена в период между 1841 и 1849 годами. Церковь была вписана в структуру двухэтажного караван-сарая, который занимал флотский экипаж или, как тогда говорили, флотский двор. Здание церкви принадлежало Каспийской флотилии, и церковь именовалась Флотской. После постройки на Баилове для морского ведомства новой церкви, здание Флотской церкви, по Высочайшему государя императора повелению, состоявшемуся 15 августа 1873 года, было передано военному ведомству для надобностей 66-го Бакинского губернского батальона (впоследствии переформированного в Сальянский полк). Церковь стала именоваться Батальонной, а впоследствии – Полковой. Хотя в городе ее по-прежнему называли, да называют еще и теперь «Флотской». Отправление богослужения было оставлено на обязанности одного из священников бакинской портовой церкви. В 1889 году инспектор бакинского реального училища разрешил петь хору певчих, из воспитанников училища, во Флотской церкви в праздничные дни.
В 1891 году была учреждена походная церковь. В штат батальона вновь был включен церковный причт, и потому священник бакинского порта был откомандирован обратно в Баиловскую портовую церковь св. Алексея. Перешедшая таким образом в окончательное ведение батальона Михайло-Архангельская церковь крайне нуждалась во внутреннем благоустройстве и обновлении. С разрешения протопресвитера военного и морского духовенства, в ведении которого находились все церкви армии и флота, в ноябре 1891 года началась реставрация здания Флотской церкви, закончившаяся к ноябрю 1892 года. Вся живопись была художественно исполнена, устроены новые царские врата и жертвенник, а также были переделаны другие части храма. Живописные работы были исполнены г. Эмцем. Общий внутренний вид получился весьма изящный.
1 ноября 1892 года состоялось освящение отремонтированной церкви Сальянского резервного пехотного (кадрового) батальона (бывшего 66-го Бакинского губернского батальона). На литургии, молебствии и водоосвящении присутствовали: командир батальона, все офицеры и по два унтер-офицера от каждой роты. В 1894 году в церкви Сальянского резервного полка (бывш. Флотской) под руководством регента, служившего ранее в портовой церкви на Баилове, составлен был частью из учеников прогимназии г. Победоносцева, частью из детей-музыкантов учебной полковой команды и чиновников местных учреждений церковный хор. Среди множества икон в церкви выделялись две иконы: Святителя Алексия, Митрополита Московского, и Слезоточивая Божья Матерь, присланная в дар Сальянскому полку из Афонского Пантелеймонова монастыря. 8 (21 н. ст.) ноября 1899 года церкви Сальянского полка по случаю престольного храмового праздника была преподнесена в дар икона Святого Архистратига Михаила – покровителя полка. С 1899 года эта церковь Св. Архангела Михаила (cтаро-флотская) именовалась полковой 262 Сальянского полка, который в 1910 году был назван 206-м пехотным Сальянским Его Императорского Высочества Наследника Цесаревича Алексея полком. После перевода Сальянского полка, расквартированного до того в казармах в крепости и в казармах неподалеку от Губернского правления, на углу Губернской и Верхней Тазапирской улиц, а также в казармах на Баилове, в новый военный городок – в Сальянские казармы, и постройки там в 1909 году нового храма Сальянского полка, также в честь Св. Архистратига Михаила, старая Флотская церковь являлась приписной к этому храму.
По штату при церкви положен был один священник. Казенная квартира для священника находилась подле Флотской церкви. В 1936 году церковь закрыли, и там разместилось общежитие. И лишь после окончания второй мировой войны, оценив роль религии в победе над фашизмом, советское правительство возвратило здание Православной Церкви. В 1946 году храм вновь открыли для богослужения, и больше он не закрывался. В 1966 году на святках в храме случился пожар. Протоиерей Иоанн Колодий (духовник Новосибирской епархии, служивший в те годы священником в Михайло-Архангельской церкви города Баку) вспоминал, что по делам ремонта ему пришлось поехать в Москву, где он встретился со своим одноклассником по семинарии епископом Гермогеном (Ореховым). Детство и юность Владыки Геромогена прошло в Баку, он прекрасно помнил Флотскую Михайло-Архангельскую церковь и поэтому принял самое деятельное участие в горе прихожан и духовенства храма-погорельца. Владыка сумел организовать встречу отца Иоанна со Святейшим Патриархом Алексием II, который в те годы был архиепископом Таллиннским и Эстонским, Управляющим делами Московской Патриархии. С помощью архиепископа Алексия, по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия I, для Бакинской Флотской Михайло-Архангельской церкви был передан старый иконостас одного из закрытых и снесенных московских храмов и строительные материалы. 25 мая 2001 года во время своего Первосвятительского визита в Азербайджан Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II посетил храм Святого Архистратига Божия Михаила, восстановлению которого он способствовал, и совершил в нем молебен.
https://azbyka.ru/palomnik/index.php?title=Категория:Азербайджан&mobileaction=toggle_view_mobile
