Впервые Бакота упоминается в летописи 1024 года, хотя раскопки свидетельствуют о том, что на этой территории были поселения язычников и значительно раньше. Уже в первой половине ХIII века Бакота становится большим городом и важнейшим центром Понизовья, которое входило в состав Галицко-Волынского княжества. Стремительный расцвет заканчивается таким же спадом после того, как в 1255 году городом на целое столетие завладели моголо-татары. Позже территория переходит под власть Литвы, в частности братьям Кориатовичам, которые восстанавливают разрушенный татарами Бакотский замок. В 1431 году территория вокруг Бакоты признаётся нейтральной пограничной зоной между Польшей и Литвой, что приводит к восстанию жителей: они выгнали местных феодалов и провозгласили независимость. Но через несколько лет польские войска жестоко подавили восстание, разрушили замок, а город навсегда утратил своё значение как важный административный центр.
Параллельно с развитием поселения неподалёку возникает древний пещерный монастырь. Находится он в толще 120-метровой Белой горы, которая состоит из мягкого песчаника, в котором легко было нашим предкам выдалбливать пещеры. Исследования показывают, что место монастыря использовалось как капище язычников ещё в дохристианские времена. Монахи же пришли сюда в 11 веке, даже есть версия, что здесь бывал основатель Киево-Печёрской Лавры Антоний.
Стоит сказать, что уникальной особенностью Подолья является наличие большого количества пещерных монастырей, вырубленных в прибрежных скалах над Днестром. Ранее их насчитывалось около двадцати. К самым известным, как раз и принадлежал Бакотский монастырь. Само расположение Бакотского монастыря в одном из живописнейших уголков Подолья навевает мысли о вечном. Обитель расположена в долине над Днестром на высокой горе. Где-то на середине горы, метров за восемьдесят над рекой, среди лесной чащи виднеется белый каменный обрыв. К нему по склону ведёт узенькая проторенная тропинка. В отвесной известняковой скале затаился целый пещерный городок. Главные сооружения монастыря — три пещеры, протяжённостью до десяти и высотой около двух с половиной метров. Одна из пещер, наибольшая, служила церковью. В других пещерах — многочисленные гробницы, ниши, вырубленные в стенах, полу. Сейчас их насчитывается свыше тридцати, в девятнадцати из них были найдены человеческие скелеты. Историки считают, что монастырь возник тогда, когда Бакота была административным центром Подолья, которым управляли Галицкие князья, то есть в ХII-ХIII веках. В те времена Бакота имела крепкий замок-крепость, которая сдерживала продвижение татарских орд вдоль берега Днестра. Тогда же для защиты от врагов население использовало и естественные пещеры.
До наших дней дошли рассказы о трагических событиях, связанных с историей Бакотского монастыря во времена, когда на Русь обрушились полчища монголо-татарских захватчиков. По этим преданиям, в скальном монастыре вместе с монахами прятались от монголов местные жители. Ордынцы предлагали им отречься от Бога в обмен на жизнь. Но ни один человек не вышел из пещер этого монастыря. Тогда изверги замуровали вход в него. Долго ещё было слышно молитвенное пение затворников не по своей воле. Существуют рассказы и о большой библиотеке и драгоценностях, которые будто бы хранились на территории монастыря. Обитель в Бакоте просуществовала до конца ХV века, до той поры, пока обвал верхней скалы не спрятал под собой остатки монастырских сооружений. С тех пор в летописях и картах исчезает упоминание о Бакотском монастыре навсегда.
Интерес к Бакотскому скальному монастырю возродился в ХIХ веке, когда в 1891-1892 гг. по поручению Российской Императорской Археологической комиссии профессор В. Б. Антонович провёл раскопки и нашёл остатки пещерных келий и монастырской церкви. В то время ещё можно было увидеть фрагменты замечательных фресок на кусках каменных стен пещерного храма. При советской власти интерес к бывшей разрушенной обители пропал, а в 1981 году в результате строительства гидроэлектростанции на реке Днестр под водой исчезло и всё село Бакота. Тогда же, кроме Бакоты, исчезли и другие соседние придестровские сёла. Лишь в 1990-е годы скальный Бакотский монастырь был восстановлен. Тогда же это место начали посещать туристы-спелеологи и паломники. Особенно много их собирается в Бакотском монастыре в день памяти мучеников Маковеев 14 августа, или, как ещё говорят, на первого Спаса. Сейчас скальный монастырь над Днестром постепенно возрождается.
С сайта: vidviday.ua/blog/ru/bakota-zhelaemoe-mesto и из книги-путеводителя: Палков Тарас «Западная Украина» (Волынская, Ровенская, Тернопольская, Хмельницкая области). Часть 1. — Львiв, видавництво «Ладекс», 2010