Село расположено между двух озер. Строительство церкви в селе Байдарское начато крестьянами деревень Байдарской, Второ-Байдарской (впоследствии село Байдарское), Ново-Байдарской, относившихся к приходу церкви в селе Спорновском, и Марайской, относившейся к приходу церкви в селе Половинском. Причиной для постройки нового храма явилась отдаленность приходских церквей и «неудобство к сообщению с ними в весеннее время». В 1889 г. Тобольской духовной консисторией выдана храмозданная грамота. Церковь строилась на средства прихожан и добровольные пожертвования. В 1894 г. подрядчиком – крестьянином Иваном Косыгиным — закончено строительство деревянного здания. В следующем году екатеринбургским мещанином Василием Лазаревым устроен иконостас. 4 ноября 1897 г. храм освящен благочинным Курганских окружных церквей священником Иоанном Редькиным.
Приход открыт в 1899 году. В церкви один престол во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Прихожанами особо почитается икона св. муч. Параскевы. Икона эта была написана по желанию прихожан в Москве в 1905 году. В августе месяце того года она крестным ходом была принесена в село со ст. Варгаши, Сиб. жел. дороги. В день девятой пятницы почти все прихожане являются в храм, принося с собою пожертвования деньгами, холстом, шерстью, льном и проч., в этот же день бывает в селе крестный ход, на площади, окружающей храм, служатся молебны. Приписных церквей и часовен в приходе нет.
На 1913 г. в приход Покровской церкви села Байдарского входили деревни: Байдарская, Ново-Байдарская (Заводская), Марайская, Димитриевская, Заложинская, Сумская.
