Пещерная церковь в честь святого Апостола и Евангелиста Марка высечена в скале чуть ниже церкви Успения Пресвятой Богородицы в 1879 году, обустроена на средства симферопольского чиновника М. Айвазова. Была закрыта вместе с остальными монастырскими храмами в 1923 г., восстановлена вместе с Успенской церковью в конце 1990-х гг. В настоящее время является второй по величине и важности монастырской церковью, богослужения совершаются здесь в основном в будние дни, тогда как в воскресные и праздничные дни большое количество поломников принимает уже Успенский храм. Церковь Евангелиста Марка находится в скале над колокольней, подняться к ней по лестнице можно с главной монастырской площадки.
