Впервые деревня упоминается в документах с 1682 года, вотчина Иркутского Вознесенского монастыря. Время строительства здесь первой церкви не установлено. Вероятно, возведена в конце 18 века, поскольку на чертеже С. Ремезова она уже изображена. В 1706 году при учреждении особого викариатства при Тобольской епархии составлена опись существующих к тому времени храмов, в которой упоминается Николаевская церковь Байдайского селения. Во второй половине 18 века церковь эта сгорела и вместо неё в 1774 году строится новая, также деревянная. Селение Байдайское к тому времени имело 85 дворов с 644 жителями.
Древний рисунок, выполненный до перестройки церкви, знакомит нас с храмовой архитектурой 18 века. Монументальная, выразительная по силуэту и насыщенная крупномасштабными пластическими элементами постройка характерна для этого столетия. Двухэтажная церковь была рублена из брёвен, причём нижний подклетный этаж использовался для хозяйственных целей. Храм был трёхъярусным, с широким восьмёриком на четверике и с малым венчающим восьмериком. Вдоль южного фасада на массивных фигурных столбах тянулась галерея. Отдельно от храма стояла высокая шатровая колокольня, построенная в традициях Русского Севера.
Ремонт конца 19 века значительно исказил и обеднил облик постройки. Рубленные стены были обшиты гладкими досками, сломаны галерея и крыльцо. На старом основании было возведено совершенно иное здание с кубическим одноглавым храмом. В 1880 году вплотную к его трапезной пристроили колокольню.
Церковь закрыли в 1935 году. Здание окончательно разобрали в связи со строительством в 1950-е годы Иркутской ГЭС.
https://web.archive.org/web/20070718033111/http://www.baikalfoto.ru/library/irkutsk/fold_02/article_09.htm
