Одним из наиболее узнаваемых символов Донского казачества является Атаманский дворец, где на протяжении многих десятилетий располагалось донское правительство вначале во главе с Наказным атаманом, а затем Войсковым атаманом. В настоящее время после долгих лет забвения в здании теперь уже бывшего Атаманского дворца располагается прекрасный музей с одноименным названием.
Здание дворца было заложено в 1860-м году и находилось в стадии строительства в течении трех лет. Инициатором появления новой правительственной резиденции был Наказной атаман Донского казачьего войска Михаил Григорьевич Хомутов. Автором проекта стал выдающийся русский архитектор, академик архитектуры Императорской Академии художеств Иван Осипович Вальпреде. В столицу Войска Донского он прибыл за 13 лет до этого и активно работал над обликом города. Благодаря его трудам Новочеркасск обрел множество своих символов, в том числе легендарный памятник атаману Матвею Ивановичу Платову и Гостиные ряды. Сам дворец был возведен в стиле классицизма, его украшали множественные архитектурные элементы, которые в годы советской власти сильно пострадали и только позже были восстановлены. Сохранилась с тех пор и великолепная парадная лестница, сделанная из чугуна. В восточной части двора была сделана домовая церковь, но после прихода советской власти уничтожена.
Атаманский дворец планировали построить задолго до начала работ, но окончательное решение было принято только во время благодарственных мероприятий в честь спасения императора Александра Второго от очередного террориста. Дворец стал прекрасным местом для управления обширными территориями Дона и гостевой резиденцией для императорских особ. За весь дореволюционный период своего существования здесь побывали императоры Александр Второй, Александр Третий и Николай Второй (многократно, в последний раз 5-го декабря 1914-го года), а также многочисленные представители династии, в том числе юный цесаревич Алексей, который являлся Августейшим Атаманом всех казачьих войск. Русские монархи жаловали казаков за их верность престолу и в знак уважения непременно посещали казачью столицу с высочайшим визитом.
После февральского переворота в здании Атаманского дворца расположилось правительство Войскового атамана Алексея Максимовича Каледина, который стал первым казачьи атаманом, свободно избранным со времен Петра Первого. Сюда же после большевицкого мятежа перебрались русские генералы и офицеры во главе с Алексеевым и Корниловым, они часто бывали на приемах у Каледина и вели переговоры о помощи Белому Движению со стороны Донских казаков. Однако казаки устали от войны и в своем большинстве воевать не хотели, развязка произошла быстро, 11-го февраля атаман Каледин якобы покончил с собой в стенах дворца, но согласно наиболее правдоподобной версии он был убит. Через две недели в город вошли красные и устроили массовый террор, дворец был загажен, заплеван и мгновенно разграблен.
Казаки не долго терпели издевательства и вскоре восстали, после чего в Атаманский дворец въехал новый глава Всевеликого Войска Донского, которым стал генерал и выдающийся писатель Петр Николаевич Краснов. На протяжении большей части Гражданской войны Атаманский дворец оставался центром законной власти на Дону. После отставки Краснова здесь находился атаман Африкан Петрович Богаевский.
В январе 1920-го года город был захвачен красными, а здание теперь уже бывшего Атаманского дворца позже перешло к райисполкому. В годы Второй Мировой войны здесь располагалось новое Донское правительство, которое на фоне расказачивания считал приоритетным борьбу с советской властью. В 1943-м году советская армия вновь заняла Новочеркасск и с того момент вплоть до 1991-го года в здании находился горком КПСС. Именно вблизи бывшего дворца произошел массовый расстрел 1962-го года, когда советская власть устроила кровавую бойню над мирными демонстрантами. О тех событиях в наше время напоминает выставка, расположенная в стенах дворца. С 1991-го года в течении 10-и лет в здании располагалась городская администрация и только в 2001-м году оно было передано под музей.
В настоящее время в здании Атаманского дворца максимально восстановлена обстановка дореволюционных времен, в каждом зале располагается актуальная его предназначению экспозиция.