Первое упоминание о постройке деревянной Никольской церкви датируется 1580 годом. С того времени несколько раз горела, как и сам монастырь. В камне отстроена в 1683 году. Опять горела и была восстановлена в 1723 году. Поновлялась в 1878 году. В конце 20-х годов прошлого века закрыта. В 2001 году передана монастырю. Проводятся работы по восстановлению храма.
Основание Николаевского монастыря неразрывно связано с воспоминанием об основателе его Феофилакте Яковлеве. Н. М. Щегольков (Исторические сведения о городе Арзамасе. Арзамас. 1911 г. С. 41) сообщает, что «около 1580 г. один из жителей Арзамаса Феофилакт Яковлев, по своему усердию и на собственный счет построил деревянную церковь во имя Николая Чудотворца». Об этом свидетельствовала грамота царя Алексея Михайловича, данная 28 марта 1670 г. стольнику князю Леонтию Шайсупову и написанная на семи склеях со скрепом дьяка Ивана Степанова: «…как де тот Никольский девич монастырь построен тому лет с девяносто и больше…». (т. е. в 1580 г. или ранее). Вскоре известный уже нам игумен Спасского монастыря Сергий принес в дар этому храму резной образ святителя Николая, именуемого Можайским, и предложил Феофилакту обустроить при этом храме девичий монастырь.
Идея создания женского монастыря, какового еще не было в городе, была поддержана Феофилактом. И он строит неподалеку еще одну деревянную теплую церковь во имя Богоявления с приделом Св. Георгия Победоносца, с жилыми подклетами и деревянной папертью, а также колокольню и 30 отдельно стоящих келий. Всю территорию огородили забором. Очевидно, благословение на учреждение монастыря было получено ранее, перед строительством всех этих сооружений.
В начале XVII века Арзамас, как и многие другие русские города, был застроен деревянными зданиями, а потому очень часто страдал от опустошительных пожаров. Так, в 1643 году сгорел Воскресенский собор в кремле. А в 1650 году в результате сильного пожара, произошедшего от молнии, огнем были уничтожены обе церкви, все кельи и ограда Николаевского женского монастыря, а также находящиеся рядом башни кремля и часть крепостной стены. Прекрасные деревянные храмы, древние иконы, резные иконостасы и многие церковные вещи — все это превратилось в пепел и прах. Куда разошлись бедные погорелицы — монахини Николаевского монастыря, неизвестно. Можно предположить, что их приютила под своей крышей Алексеевская обитель. И все же монахини Николаевского монастыря не разошлись врозь совсем. Монастырь через некоторое время был возрожден, правда, не в прежних размерах. По мнению исследователя истории Арзамаса Н. М. Щеголькова, в 1650 году была еще жива жена основателя Николаевской обители иерея Феофилакта старица Пелагея. Вместе с сыновьями, Григорием и Афанасием, построили на прежнем месте новую деревянную теплую церковь во имя Богоявления. Нелегко возрождалась обитель — этот храм был единственным около 30 лет. Вторую церковь, очевидно памятуя о пожаре, решили построить из камня. Соборный холодный каменный храм во имя Николая Чудотворца начали строить спустя несколько лет, но возводился он очень медленно и был освящен лишь в 1683 году.
Подробно о местоположении Никольского женского монастыря сообщается в описи начала XVII века: «…в меньшом остроге (имеется в виду ограда монастыря, очевидно, состоящая из частокола бревен), вышед из города от Настасейских ворот, и идучи к Кузнечным воротам, на правой стороне от городовыя стены десять сажен — девич монастырь; церковь Николая Чудотворца Можайского да придел Космы и Дамиана, да церковь теплая Богоявления Господня да великомученника Георгия…».
В 1738 году восстановили каменную Никольскую церковь, а над западной папертью возвели трехъярусную каменную же колокольню. В 1740 году была построена теплая деревянная церковь во имя Богоявления.
В 1926 году монастырь был закрыт, переименован в «Комсомольский городок» и частично разрушен, сестры разогнаны.
18 декабря 2015 года в Арзамасском монастыре был освящен Никольский собор, в котором теперь ежедневно приносится Бескровная Жертва. В свой родной храм вернулся резной образ святителя Николая «Можайский», подаренный еще при основании Николаевской обители игуменом Спасского монастыря Сергием. Вскоре после возобновления монастыря в нем появилась и другая святыня – чудотворная икона Божией Матери «Избавление от бед страждущих», и с тех пор Царица Небесная не оставляет насельниц Своей помощью. Тысячи паломников ежегодно стекаются в Николаевскую обитель к этому образу и укрепляются в вере, получают от Пресвятой Богородицы исцеления, избавления от семейных и прочих бед.
По материалам: https://nicola-arzamas.ru/istoriya-monastyrya; https://monasterium.ru/publikatsii/stati/pod-pokrovom-bozhiey-materi-molitvami-svyatitelya-nikolaya/