Старая Николаевская церковь перед Великой Отечественной войной была разрушена. 7 декабря 1944 года Николаевская религиозная православная община зарегистрирована в исполнительном Комитете Краевого Совета Депутатов трудящихся. 24 февраля 1949 года на основании договора армавирского исполкома от 31 марта 1944 года здание армяно-григорианского храма по ул. Кирова, 5 зарегистрировано по договору в бессрочное пользование Николаевской и Успенской (армянской) церквями. 30 мая 1961 года настоятель Василий Черныш сдал членам церковного совета церковные ценности и материалы, числящиеся на 1 июня 1961 года.
22 мая 1996 года Епископом Майкопским и Армавирским Филаретом был назначен настоятель общины несуществующего Никольского храма протоиерей Геннадий Волков. Созданная община во главе с настоятелем прот. Геннадием многократно ходатайствовала перед властями г. Армавир о восстановлении храма.
1 октября 1996 года Решением Городской Думы г. Армавир было передано здание фотоателье, находящееся в ветхом состоянии, во временное пользование общины. Уже 5 октября 1996 года были разобраны внутренние перегородки здания фотоателье и совершена первая Божественная Литургия. Далее был разработан проект строящегося храма и проведена государственная экспертиза. Но, к сожалению, долгое время Городские власти не разрешали начать строительство.
28 ноября 2000 года Отделом Капитального строительства г. Армавир Свято-Никольскому приходу было выдано Разрешение на начало строительных работ. В этом же году был заложен фундамент на территории разрушенной Николаевского Собора. 19 апреля 2004 года была совершена первая Божественная Литургия в выстроенном храме. В настоящее время совершаются отделочные работы Свято-Никольского храма и придела в честь Казанской иконы Божьей Матери.
С сайта храма
Устав воссозданного Николаевского прихода в Армавире был зарегистрирован 2 июня 1992 года. 19 апреля 2004 года состоялась первая литургия в возрождаемом большом храме Николы Угодника. 5 февраля 2012 года митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор (Кириченко) в сослужении с духовенством епархии совершил освящение законченного строительством Николаевского храма города. Ещё до того, как состоялось освящение главного престола, в его левом приделе – пристроенном к основному объёму четверике, завершённом световым барабаном-восьмериком с луковичной главкой синего цвета – иерейским чином был освящён престол в честь Казанской иконы Пресвятой Богородицы. В 2013 году в главном приделе храма был установлен трёхъярусный иконостас, который составили 46 икон.
По представлению епископа Армавирского и Лабинского Игнатия (Бузина) указом патриарха Московского и всея Руси Кирилла от 5 сентября 2014 года Николаевский храм получил статус кафедрального собора.
Бесстолпный, трёхапсидный, двухпрестольный пятый Николаевский храм Армавира построен в формах, близких южнорусскому зодчеству, стилистике так называемого «казацкого барокко» – при взгляде на него сразу вспоминаются храмы Киево-Печерской лавры (Крестовоздвиженский над Ближними пещерами, Богородицерождественский рядом с Дальними) или, скажем, киевский Софийский собор, или даже первые, казачьи, церковные постройки Екатеринодара. Совершенно типичными для этой архитектурной манеры являются завершения Никольского храма: пять стилизованных бань над основным объёмом, две бани над трёхчастной звонницей и одна над южным притвором. Особенно характерна центральная баня, составленная из целых трёх ярусов: на самый нижний, короткий, приплюснутый восьмерик, завершённый восьмигранным куполом-полусферой, посажен ещё один барабан с таким же куполом, а на него – третий, уже слепой и круглый, увенчанный круглым же куполом, который венчается уже луковичной главкой золотого цвета на короткой шейке, при этом диаметр луковицы – меньше диаметра барабанов.
Имеющий очевидные южнорусские черты завершений, Никольский собор, тем не менее, нельзя считать однозначным представителем архитектурной линии казацкого барокко. Если для последнего характерны прямые и зачастую составные профилированные карнизы основных объёмов построек, то фасады основного объёма Никольского храма имеют… типично великорусские формы – разделённые на традиционные три прясла его стены завершены килевидными закомарами. Следовательно, вернее всего говорить об эклектическом архитектурном облике этого храма, а если попытаться определить своеобразный стиль постройки, то его можно назвать «русско-казацким».
Селиверстов А.В. Все храмы края. Том 1. Краснодар.2016. Стр. 52–54, 64–67.