Название храма связано с существованием невдалеке от церкви Государева дровяного щепного двора, на котором и бревен, сплавляемых плотами по Москве-реке, сооружали срубы для различных дворовых зданий. По храму, в свою очередь, названы 1-й и 2-й Николощеповские переулки.
Церковь на этом месте документально известна с 1649 года. Некоторые источники указывают, что это здание сгорело. В 1686 году, по благословенной грамоте Патриарха Иоакима от 22 апреля 1686 года, сооружается нынешнее здание.
Храм пострадал в войну 1812 года, но был быстро восстановлен. В 1813 году (по другим источникам — в 1812) построена колокольня и придел Петра и Павла. В 1884 году сооружен южный придел, куда из трапезной перенесен престол Симеона и Анны. В 1888 году церковь обновлялась.
В советское время храм был закрыт одним из последних среди московских церквей — в 1934 году — в связи с чем в него свозились святыни из окрестных закрытых храмов. После закрытия главы с барабанами и верх колокольни снесены. Согласно рукописи Александровского, храм стали разбирать, но не разобрали до конца. Однако здание до неузнаваемости перестроено под цеховое помещение; в стенах прорублены ярусы прямоугольных окон с частой остекловкой. Церковный характер здания практически не угадывался.
После возвращения храма Церкви в 1993 году началась реставрация, закончившаяся весной 2008 года. Церковь была вновь освящена 22 апреля 2008 г. Первое богослужение состоялось на Пасху 24 апреля 2008 г.
Разновременность построек подчеркнута цветом: основной объем храма в стиле узорочья выкрашен иначе, чем классицистическая колокольня и иные пристройки XIX века.
