Основным строением Свято-Троицкого скита является каменный храмово-келейный корпус, расположенный в шестидесяти пяти метрах от берега Троицкой губы. Строился он на протяжении двух с половиной столетий и состоял из церкви во имя Святой Троицы, трапезной с церковью во имя преподобного Михаила Малеина, колокольни и братского келейного корпуса.
Церковь во имя Святой Троицы, высотой около тридцати метров, построена на искусственном подсыпном холме, укрепленном с севера и запада валунной подпорной стенкой. По описанию К. Коковцева, посетившего скит в 1900 году, храм представлял собой «восьмиугольную призму, каждая грань которой увенчана закомарой. Шатер кровли на половине высоты прерывается цилиндрическим поясом, окруженным восемью небольшими кокошниками, в которые вставлены полукруглые окна. Эта цилиндрическая часть покрыта пирамидальной кровлей (с высокими слуховыми окнами), заканчивающейся барабаном и маковицей». Сооружение имитирует древнерусские постройки.
Войдем в храм. Некогда стены его украшали росписи, полы были выложены белокаменной плиткой, пятиярусный резной иконостас с колоннами покрывала позолота. В храме находилось более шестидесяти икон большого размера. В алтаре хранился Нерукотворный образ Спасителя письма инока Никона, будущего патриарха. Ныне о былом великолепии церкви можно только догадываться.
За правым клиросом, у южной стены храма, стояла посеребренная с золочеными украшениями бронзовая рака над мощами преподобного Елеазара Анзерского. Она была установлена в 1838 году на средства иеромонаха Арсения из Новгородского Юрьева монастыря. Над ракой была устроена сень в виде шатра на четырех деревянных резных колоннах. Вокруг стояло девять резных позолоченных крестов. Над ракой располагалась икона преподобного Елеазара высотой в человеческий рост – сто семьдесят сантиметров. Нимб и одежду преподобного покрывало золотое и серебряное шитье с блестками и стразами, по углам иконы помещались резные золоченые изображения херувимов.
На южной стене храма сохранились остатки росписи с изображением преподобного Елеазара. Есть основания предполагать, что его святые мощи и ныне почивают в церкви под спудом.
Западнее раки преподобного располагалась Тихвинская икона Пресвятой Богородицы, написанная на кипарисовой доске, – вклад игумена Корнилиево-Комельского монастыря Арсения, сделанный в 1852 году. Образ был украшен серебряной чеканной ризой с золоченой короной и надписями из синей финифти.
К западной стене храма были пристроены хоры; вход на них был прямо со второго этажа келейного корпуса. Снизу, из храма, на хоры вела деревянная винтовая лестница.
В советское время церковь перестраивалась под нужды Соловецкого лагеря, затем долго оставалась без присмотра. Церковная утварь, иконостас и рака преподобного Елеазара утрачены, росписи уничтожены, деревянные конструкции полов, оконных и дверных проемов, отопительные системы разрушены. С 1994 года в церкви ведутся антиаварийные работы.
Вход в церковь сейчас расположен с северной стороны; прежде существовал и другой, западный,– через паперть. Теперь на этом месте провал. Двустворчатые двери в восточной стене паперти выходили в холодный, Свято-Троицкий храм. Двери в западной стене вели в ризницу и кладовую.
Под папертью размещался подвал, западнее нее располагалась трапезная XVII столетия с приделом во имя преподобного Михаила Малеина, в которую вел отдельный вход. Двустворчатые двери открывались в уютное сводчатое помещение. Стены его были украшены росписями с растительным орнаментом и медальонами. В восточной части трапезной располагалась теплая зимняя церковь во имя Михаила Малеина. Одноярусный иконостас голубого цвета с позолотой включал в себя пятнадцать икон. Северо-западный угол занимала печь, облицованная бело-голубыми изразцами с изображениями единорогов и сказочных птиц и орнаментом из виноградных кистей. На втором этаже размещались покои настоятеля.
К западной части трапезной была пристроена высокая восьмигранная колокольня, где находилось семь колоколов: большие в двадцать и тридцать пудов с немецкими надписями, один средний – с латинской: «Assuerus Coster Amsterdami me fecid; soli Deo gloria» («Ассвер Костер сделал меня в Амстердаме; слава единому Богу»). На одном из малых колоколов, весом два пуда, было написано: «Лета 7132, сентября в 1 день, слиты сии два колокола, повелением Живоначальныя Троицы Сергиева монастыря келаря Александра Булатникова».
Эта часть храмово-келейного корпуса сейчас находится в аварийном состоянии, посещать ее не рекомендуется из соображений безопасности. Кровля и своды трапезной начали разрушаться в начале 80-х годов. В 1997 году рухнула древняя колокольня скита.
Двухэтажный каменный келейный корпус примыкал к трапезной и колокольне с запада. Внизу находились братские келлии и поварня со сводами, в подвале – два погреба для припасов; наверху – братские келлии с накатными потолками. С 1994 года корпус постепенно восстанавливается, отремонтированы первый этаж и кровля.
Анзер и его святыни. Спасо-Преображенский Соловецкий ставропигиальный мужской монастырь. 2002. С. 20-25