История этого строения начинается с 1858 года, спустя несколько лет после образования Верненской крепости. На Станичной площади была воздвигнута небольшая церковь, которую первый настоятель Евтихий Вышеславский освятил в честь великомучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии. В своем первозданном виде церковь просуществовала до 1871 года. К этому времени население Верного значительно увеличилось. В 1870 году здание храма было перенесли в Мало-Алматинскую станицу, а на его месте начали строительство храма из обожжённого кирпича. Еще 1867 году укрепление Верный было преобразовано в административный центр Семиречинской области, спустя несколько лет Софийский храм стал кафедральным собором.
28 мая 1887 года, во время первого Верненского землетрясения, собор был полностью разрушен. Нa площади близ храма, в братской могиле похоронены около 300 жителей Алма-атинской станицы, погибших в результате землетрясения. Исследование конструкций уцелевших зданий, их сопоставление с утраченными домами показало, что каменные постройки пострадали значительно сильнее деревянных. Под храмом был обнаружен разлом. Несмотря на это, в 1893 году на месте разрушенного храма был заложен новый, из тянь-шаньской ели, по проекту архитектора Вячеслава Николаевича Брусенцова.
Новый храм был введен в строй в 1895 году. В южной его части располагался некрополь, в котором покоились останки первых верненских епископов Софонии Сокольского и Никона Богоявленского. После восстановления храмового комплекса и монастыря их перезахоронили.В то время власти города приняли решение строить кафедральный собор в другой части города (Вознесенский собор). Софийский храм перестал быть кафедральным.
Второй раз Софийский собор частично пострадал в декабре 1910 года, в результате землетрясения. В 1929 и 1931 годах власти предпринимали попытки закрыть собор и сделали это окончательно в 1937 году. Духовенство храма арестовали и расстреляли.
После закрытия здание храма переоборудовали в клуб Красных Партизан, потом в кинотеатр Ударник, позже в стенах собора размещался кукольный театр. В конце 80-х годов прошлого столетия здание храма пришло в аварийное состояние. Чтобы спасти бывший собор от полного разрушения, министерство культуры КазССР было вынуждено ввести должность сторожа, чтобы сохранить до начала реставрации здание, входившее в список охраняемых памятников культуры и архитектуры. В условиях политического и экономического кризиса в 1990-е годы дело до реставрации не дошло. Сооружение вывели из реестра памятников, должность сторожа упразднили.
В 1989 году епархия предприняла попытку вернуть Софийский храм Церкви. Вопрос о возвращении собора обсуждался и в местной прессе. Но едва об этом заговорили, как строение сгорело.
Решение о возрождении Софийского собора было принято Митрополитом Мефодием в 2003 году. Спустя два года после ввода в строй храма, открыли женский монастырь. Весной 2006 года были освящены отлитые для храма колокола. Их общий вес – более трех тонн. Самый крупный весит 1600 килограммов и является самым большим колоколом в Казахстане.
В сентябре 2007 года Митрополит Мефодий в сослужении алматинского духовенства, при большем стечении богомольцев освятил возрожденный храм. Возрожденный собор – точная копия старого. Единственное его отличие в том, что он теперь не из дерева, а из современных сейсмостойких материалов. Кроме того, на территории храмового комплекса находится храм в честь святой блаженной старицы Матроны Московской.
https://vlast.kz/inside/24671-vnutri-iversko-serafimovskij-zenskij-monastyr.html
Софийский собор Иверско-Серафимовского женского монастыря (освященный в честь святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии) является старейшим храмом города Верного (Алма-Аты). Он был построен по проекту архитектора Брусенцова в 1895 году на месте более раннего собора, воздвигнутого в 1871 году и разрушенного землетрясением 1887 года. Этот разрушенный приход, в свою очередь, возник на месте молитвенного дома, построенного в 1855 году. Эта дата граничит с годом основания города Верного, что позволяет говорить о Софийском соборе как первом храме в столице Семиречья.
Монастырь на территории собора был учрежден указом Святейшего Правительствующего Синода от 20 декабря 1908 года. Основой монастыря стала женская община при Всехсвятской церкви близ Верненского кладбища на Ташкентской аллее.
После революции 1917 года история Софийского собора, равно как и множества других церквей, оборвалась.
В конце 90-х годов ХХ века священник Валерий Черненко вместе с несколькими прихожанами взялся за расчистку остатков фундамента Софийского храма.
21 марта 2004 года митрополитом Мефодием за богослужением был оглашен указ Синода, а 19 мая того же года был освящен фундамент и совершена закладка первого камня восстанавливаемого Софийского собора. 21 ноября 2005 года, в день празднования Собора Архистратига Михаила, митрополит Мефодий совершил чин освящения надгробного креста над могилами первых святителей Туркестанских: архиепископа Софонии и епископа Никона. 25 апреля 2006 года были освящены отлитые для монастыря колокола. Их общий вес более трех тонн. Самый крупный весит 1600 кг. 30 сентября 2007 года митрополит Мефодий совершил чин освящения возрожденного собора.
Иконостас и убранство собора изготовлены и установлены в декабре 2010 года. К концу 2010 года завершено строительство не только собора, но и всего монастырского комплекса, в который вошли: храм блаженной Матроны Московской (2005), водосвятная часовня (2008), общежительный келейный корпус на 70 мест (2009), игуменский корпус (2010), часовня преподобного Серафима Саровского (2011), гаражный блок с мастерскими на втором этаже (2012).
30 сентября 2011 года в Софийский собор был доставлен ковчег с великой святыней – цельбоносными мощами святых славных и всехвальных и добропобедных мучениц Веры, Надежды, Любови и Софии. Святые мощи по ходатайству митрополита Астанайского и Казахстанского Александра были переданы в дар православным жителям Алматы из Константино-Еленинского женского монастыря под Санкт-Петербургом, настоятельницей обители игуменией Иларионой (Феоктистовой) и ктитором обители Константином Вениаминовичем Голощаповым. Ковчег для хранения святыни изготовлен по благословению митрополита Александра в художественной мастерской им. Александра Невского в г. Москве известным ювелиром А.И. Анискиным.
29 сентября 2015 года Глава Казахстанского Митрополичьего округа митрополит Астанайский и Казахстанский Александр совершил чин освящения новосозданных росписей Софийского собора Иверско-Серафимовского женского монастыря. Фрески были выполнены специально к престольному празднику храма – дню памяти мучениц Веры, Надежды, Любови и Софии – небесных покровительниц Семиречья.
Софийский собор расписывала артель изографов из города Палех (Россия, Ивановская область) под руководством члена Союза художников России В.К. Курилова. Работы над росписью Софийского собора продолжались в течение пяти месяцев. Площадь расписанных стен и сводов собора составила более 2000 квадратных метров. Фрески, выполненные по эскизам В. К. Курилова, покрывают стены сплошным живописным ковром и гармонируют с иконостасом собора. Фигуры Христа, Божией Матери, апостолов и святых написаны в лучших традициях палехских мастеров. В живописной отделке в изобилии присутствуют красные оттенки – символ мученичества, так как храм посвящен святым страдалицам за Христа, и золото – символ сияния Небесной славы и вечности. Среди ликов угодников Божиих представлены новомученики и исповедники, просиявшие в Казахстане.
https://mitropolia.kz/info/organizations/churches/almaty/129-sofiyskiy-sobor-alma-ata.html