Историю свою храм начинает с основания школы им. Св. Иоанна Богослова в 2003 году. Трудом прихожан Покровского храма г. Алматы была образована домовая церковь. Освящение престола храма св. Иоанна Богослова в Алматы было совершено 9 октября 2005 года, по благословению митрополита Астанайского и Алматинского Мефодия (ныне митрополит Пермский и Соликамский),
