Аллея появилась в 1954 году — после того, как было завершено строительство университетского комплекса МГУ. Свое название аллея получила благодаря бюстам великих ученых России, установленных вдоль нее. В камне были запечатлены академик и основатель МГУ Михаил Ломоносов, математик Николай Лобачевский, создатель всемирно известной периодической таблицы химических элементов Дмитрий Менделеев, изобретатель радио Александр Попов, знаменитый физиолог Иван Попов, генетик Иван Мичурин и еще 17 выдающихся ученых мужей. Статуи были выполнены разными скульпторами — Иосифом Козловским, Николаем Дыдыкиным, Матвеем Манизером и другими искусными мастерами своего дела.
Центр аллеи занимает фонтан «Лилия». В 2017 году была произведена реставрация аллеи.
