Главный храм сооружен в центре монастыря. Изначально он был деревянным, затем в 1748 г. по указу Троицко-Сергиевской Лавры построен каменный храм. Строителями нового храма были Меркурий (Абрамов) и Иоанн(Никольский). Во время расчистки места под каменный храм был обретен гроб с мощами схимонаха Вассиана.
Храм был выстроен в два этажа, без трапезы и колокольни. Верхний холодный во имя Живоначальной Троицы освящен в 1754 г. в скором времени была разобрана старая деревянная церковь во имя преподобных Зосимы и Савватия, Соловецких чудотворцев, а также ветхая деревянная колокольня. В память об этом образ преп. Зосимы и Савватия теперь находится в иконостасе нижнего Покровского храма (ранее он назывался Богоявленским). Теплая церковь в нижнем этаже каменного Троицкого храма в честь Богоявления Господня была устроена в 1767 г. В это же время пристроена новая каменная трапеза и колокольня. Впоследствии Богоявленский храм упразднен. После пожара в 1775 г. колокольня с двумя колоколами и боевыми часами сгорела, получили повреждения и другие монастырские постройки. Перестройка и обновление соборного храма началась только в 1805 г. во время настоятельства архим. Авраамия (Соловьева). За три года был устроен новый иконостас в три яруса с колоннами и богатой резьбой, вызолоченной на полименте червонным золотом. Началось строительство новой трехъярусной колокольни. В 1814 г. с западной стороны храма устроен придел во имя свт. Димитрия Ростовского. Летом 1906 г. из-за сильной жары и засухи начались пожары. В монастыре сгорели церкви, колокольня, корпуса и надворные постройки. К 1911 г. трудами о.Гавриила и братии восстановлен весь комплекс монастырских построек.
В 1920 г. монастырь был закрыт и насельники изгнаны. Территорию и помещения монастыря использовали для Дома принудительных работ, а затем под различные промышленные предприятия. Братия была репрессирована, по свидетельствам современников, расстреляна. На территории обители заработали две фабрики: баянная фабрика в Сергиевском храме, в начале войны перепрофилированная на изготовление лыж для нужд фронта, и махорочная в Троицком и Казанском храме, которые просуществовали до начала 1990-х годов. Внутренний и внешний вид Троицкого Собора пострадал не только от пожара 1947 г., но и от перестроек — были пробиты дополнительные оконные проемы, установлены новые перекрытия на несколько этажей. Когда в 1988 г. остановилось махорочное производство, местные власти решили вовсе снести уцелевшие монастырские строения, чтобы организовать производство медицинского оборудования, но благодаря поддержке верующих монастырь, как памятник культуры, удалось отстоять.
В 1992 г. монастырь был передан Чебоксарской епархии. С этого момента началась работа по восстановлению монастырских построек. Полуразрушенный Троицкий храм пришлось разобрать. На его месте построен новый в древнерусском стиле XVII в., напоминающий Успенский собор во Владимире. Высота нового Троицкого собора вместе с главным крестом составляет 46 метров. Рядом с собором расположился прекрасный фонтан, дно бассейна которого выложено мозаикой византийским орнаментом. В нем два храма: нижний — в честь Покрова Божией Матери, верхний – в честь Живоначальной Троицы.
Храм Покрова Божией Матери
Храм изнутри обделан мрамором. Высокие узкие окна пропускают свет в незначительной мере, создавая ощущение полумрака, настраивающего человека на молитву. Большая икона преп. Иоанна Лествичника, изображающая лествицу восхождения к небу в Царствие Небесное, вызывает чувство глубокого трепета и страха при виде, как труден этот путь и как искусно бесы стараются свернуть человека с правильного пути. Иконостас сделан из липы по образцам каменной древнерусской резьбы Дмитриевского собора во Владимире. Иконы в иконостасе написаны в древнерусском стиле XIV века. В алтаре на горном месте стоит кресло, вырезанное из цельной мраморной глыбы, весившей изначально 7 тонн.
Троицкий храм
Расположенный на 2-м этаже, возрожденный храм Живоначальной Троицы освящен 24 января 2006 г. митрополитом Чебоксарским и Чувашским Варнавой. Две высокие лестницы, ведущие к паперти храма с двух сторон, распростершись как крылья птицы, возводят ум к горнему месту – небесному Иерусалиму. Как и в нижнем храме, выделяется своим размером и содержанием икона Страшного суда, явившаяся реконструированной копией такой же иконы из Успенского собора Московского Кремля. Великолепная акустика в этом храме и внешнее убранство создают впечатление рая на земле и на небе. Золоченый тябловый иконостас поражает своей красотой и изяществом. Он выполнен в древнерусском стиле. Мелкий орнамент нанесен на тонкие медные пластины, позолоченные гальваническим способом. Также замечательна икона «Всецарица», расположенная слева от царских врат.
Из буклета «Свято-Троицкий мужской монастырь» г.Алатырь, изд-во КЮГ г. Москва, 2015 г.