В 1801 г. с северной стороны главного Троицкого храма на расстоянии 9 сажен была построена церковь во имя Сергия Радонежского. Большой пожар в монастыре 1906 г. начался в этой церкви и перекинулся на все остальные здания, оставив в руинах настоятельский корпус, братские корпуса, Троицкий собор и колокольню. Много времени и сил потребовалось братии на восстановление обители. Но революционные события 1917 года как бы вторым пожаром прошлись по монастырю.
На период возвращения монастыря Чебоксарской епархии в 1992 г., храм находился в более плачевном состоянии, чем другие храмы: потолок обвален, слой строительного мусора глубиной более одного метра залит асфальтом, на месте алтаря располагалась подземная емкость, заполненная мазутом. Старые промышленные конструкции пришлось разобрать, заново выложить стены, спроектировав новый интерьер храма в древнерусском стиле. Над амвоном была разобрана кровля и выстроен купол византийского стиля. В алтаре сооружена отсутствующая до этого апсида. Храм получился просторным, по форме напоминающим корабль спасения в житейском море. В иконостасе встречается резьба в стиле XVII в., иконы написаны по образцам XIV-XV вв. Особо выделяется в иконостасе икона Божией Матери «Одигитрия». В основном, службы теперь совершаются в этом храме.В настоящее время три храма, освященные в честь преподобного Сергия Радонежского, Казанской Божией Матери и преподобного Серафима Саровского, представляют собой единый комплекс, расположенный в одном строении. Несмотря на то, что храм Казанской Божией Матери строился как придел к церкви Сергия Радонежского, а пещерный храм под ним, в справочниках же и буклетах, изданных Троицким монастырем, как бы единый храм называется церкви преп. Сергия Радонежского, Казанской Божией Матери, преп. Серафима Саровского.
3 октября 1998 года был освящен восстановленный храм во имя преподобного Сергия Радонежского.
http://monasterium.ru/monastyri/monastery/alatyrskiy-troitskiy-muzhskoy-monastyr/
