Существовавший прежде деревянный Преображенский храм сгорел в 1785 году. Но в документах 1681-1683 годов есть упоминания о «Спасском попе Корнилии Микулаеве» и «священнике Преображения Господнего Михаиле Матвееве». Следовательно, это был один из первых Ахтырских храмов, когда началось заселение этих мест беженцами из-за Днепра в середине XVII века. Новый деревянный Преображенский храм был построен в 1790 г. особой заботливостью священника Якова Назаревского. В начале 1904 года был одобрен и принят проект архитектора В. Немкина нового каменного Спасо-Преображенского храма, который был построен в 1905 году и освящен 13 ноября того же года.
В «Ведомостях о церкви Спасо-Преображенской г.Ахтырки за 1909 года» — архивном документе Харьковской духовной консистории – сказано: «Церковь в одной связи с колокольнею построена в 1905 году Усердием и на пожертвования Григория Федоровича Чикало…». С 1920 по 1935 гг. священником Спасо-Преображенской церкви служил о. Сергий Николаевский, происходивший из старого рода священников Николаевских. На втором ярусе ныне утраченной колокольни был установлен колокол весом 5 т. Во времена советской борьбы с религией колокольню разобрали, церковь закрыли. До 1994 г. помещение использовалось в качестве спортзала. После передачи храма православной церкви начаты реставрационные работы, восстановлен и позолочен купол,установлен иконостас.
http://orthodoxsumy.narod.ru/Hram/Ahtyr_preobraj.htm
Год в год, день в день 26 ноября 1905 года был совершен чин освящения новосооруженной Спасо-Преображенской церкви Ахтырки. В Харьковской библиотеке им. Крупской находится рукописное Евангелие из Спасской церкви, что обозначено надписью и которое, очевидно, старше даже Ахтырки. Известно, что на месте нынешней церкви было две деревянных, называемых Спасской или Преображенской. Первому строению в 2004 г. исполнилось бы 350 лет. Но церковь сгорела. Второе строение было разобрано. Из его остатков была построена церковь в селе Высокое.
Спасо-Преображенской начали называть эту церковь в её каменном исполнении начала XX века. Каменная Спасо-Преображенская церковь построена на средства местного жителя, мецената Григория Чикала и других горожан. Строилась церковь при настоятеле храма протоиерее Иакове Подольском, который не дожил до её освящения в 1905 году. Похоронен он был во дворе церкви. Надгробие могилы сейчас находится в храме. Его сын Дмитрий Подольский тоже служил в церкви диаконом.
В церкви ещё до революции предпочитали венчаться и крестить своих детей богатые люди. Она считалась элитной. В 20-30-х г.г. прошлого столетия была разобрана колокольня — самая высокая и красивая в городе, а в процессе борьбы с религией церковь закрыли. Но во время войны она была открыта, люди молились Богу, прятались от бомбежек.
Ещё в 1958 г. церковь была во всей красоте своего убранства. Но вскоре она была закрыта властями, поскольку находилась рядом с горкомом партии, в центре города и противоречила коммунистическим идеям. До 1994 г. она использовалась не по назначению, пока здание не передали Украинской Православной Церкви. После закрытия церкви что-то разобрали в оставшиеся действующие церкви, что-то пошло в музеи, много икон разобрали верующие по домам (прихожане принесли иконы обратно в церковь после её открытия). Но восстанавливать убранство церкви пришлось по-новому. Благовещенский кафедральный собор г. Харькова подарил накупольный крест, освящённый епископом Иовом. Действенную помощь оказывал завод «Нефтепроммаш» — нефтяники помогли покрыть золотом главный купол, они же оказали содействие в покрытии остальных куполов церкви. Силами прихожан проведены разные работы по возрождению храма.
В храме находятся драгоценные реликвии. Это мощи святителя Митрофана Воронежского, которому молятся за благоустроение детей в жизни, святителя Иоасафа Белгородского, который был епископом Харьковским, когда в епархию входила и Ахтырка, святителя Феодосия Черниговского — первого из новомучеников нашей земли начала XX в., чудотворца преподобного Тихона Задонского, священномучеников Владимира Киевского и Галицкого, Александра — архиепископа Харьковского и Ахтырского, преподобного Лаврентия Черниговского. У нас икона святых Слободского края, еще одна такая находится в Харькове.
26 ноября 2005 года Спасо-Преображенская церковь Ахтырки отметила своё 100-летие. В этот день состоялась встреча правящего архиерея и освещение нового престола, который приобретен в Свято-Успенской церкви Киево-Печерской Лавры. Эту святая святых освятил архиепископ Сумской и Ахтырский Марк. Затем состоялась Божественная Литургия.
По материалам интервью с настоятелем храма о. Игорем к 100-летию Спасского храма, http://www.okhtyrka.net/content/view/1056/106/