Первая деревянная церковь была построена в 1859 г. Она имела один престол во имя святителя Николая Чудотворца, всё что от неё осталось — чугунная закладная алтарная плита, которая находится сейчас во дворе краеведческого музея. Для строительства новой церкви был образован строительный комитет который возглавил М.А. Зубов.Второй храм был заложен в 1897 г. и закончен в 1903 г. На строительство церкви было выделено Николаем II (1894-1918) 10 тыс. руб., кроме императора выделили деньги и другие жертвователи. Закупленные императрицей и царевной Татьяной (1897-1918) в Санкт-Петербурге священные сосуды, утварь для обустройства алтаря и иконостаса прибыли в Агу только в начале 1905 г. 16 августа 1905 г. состоялось освящение храма. При церкви в 1884 г. была открыта церковно-приходская школа. Она располагалась в казённом миссионерском доме и содержалась на средства отпускаемые из Читинского отделения епархиального училищного совета. В 1930-1932 гг. храм был закрыт, а священники высланы на поселение в Красноярский край. В 1937 г. разрушили колокольню, разобрали главный купол. В здании был организован кинотеатр который работал до 1984 г. 26 июня 1991 г. здание храма было передано православной общине. После ремонта в ноябре 1991г. в нём начались службы. Из города Каменск-Уральского были привезены 6 колоколов, отлитых по заказу Агинской православной общины. Главный колокол Благовестия весит 660 кг, пять других весят от 8 до 90 кг. Найдена единственная уцелевшая икона из старого храма — Казанская Богоматерь. В июле 2003 г. настоятелем церкви назначен отец Владимир.
Из книги А.В. Юдина «Агинский Бурятский автономный округ». 2006
