Церковь построена в начале XVIII века, имеет два престола — Усекновения Главы Иоанна Предтечи и свят Алексия, Митрополита Московского (позднее переименован в честь Казанской иконы Пресвятой Богородицы). История храма связана с жизнью села и большой усадьбы, последними владельцами которой была семья Бахрушиных. В советское время храм не закрывался. При церкви действует воскресная школа.
http://naro-fominsk.net/church/
Храм был построен владельцами с.Афинеево Протасьевыми в начале ХXIII в. В 1709 г. 4 ноября (по ст. стилю) «…выданы два антиминса, по благословенной грамоте в Московский уезд, в село Афинеево, в новопостроенную церковь Иоанна Предтечи. В 1779г. новый владелец З.Е. Волынский усовершенствовал церковное здание. В 1780-х гг. была разобрана колокольня и сооружена новая, в это же время возводят надстройку апсиды северного придела и сооружают высокий четырехколонный портик. Придел Митрополита Алексия переименован в придел Казанской иконы Божией Матери. В советское время храм не закрывался. При церкви действует воскресная школа.
Источник: сайт Ногинское благочиние Русской Православной Церкви Московского патриархата, Московская епархия.
Село Афинеево в 1627 г. – пустошь на реке Малой Пахре Московского уезда, вотчина Петра Степановича Корсакова…
В 1646 г. значится «за Петром Даниловичем Протасьевым закладная вотчина, что ему заложил Петр Корсаков сельцо, что была пустошь Афинеева, а в сельце двор вотчинников, задворных 4 двора, людей всего 20 человек; деревня Першина, в ней 1 двор бобыльский, в нем 2 человека, и 3 двора пустых». Деревня Першина в 1627 г. – пустошь, принадлежавшая Петру Степановичу Корсакову по данной 1628 г. от князя Семена Ивановича Лыкова».
После П.Д. Протасьева вотчина досталась в 1671 г. его сыну Александру Петровичу; в 1678 г. в сельце Афинееве находилось: двор вотчинников, в нем 15 чел., двор крестьянский, в нем 6 чел., в деревне Першиной 2 двора крестьянских и в них 6 чел.
В 1704 г. сельцо принадлежало сыну Александра Петровича – Михаилу Протасьеву, а в сельце «церковь каменная строится вновь, причетников нет; в сельце двор вотчинников, дворы скотный и конюшенный, 3 двора задворных и всего в них 21 чел.» В 1709 г. 4 ноября выданы два антиминса по благословенной грамоте в Московский уезд, в село Афинеево, на новопостроенную церковь Иоанна Предтечи, да в приделе Алексея митрополита, Китайского сорока, староста поповский Николаевский поп Федор Яковлев взял два антиминса и росписался».
В январе 1710 г. дана перехожая память церкви Тихона чудотворца, что на Арбате, придела Николы чудотворца попу Венедикту Пименову в Московском уезде в вотчину Михаила Александровича Протасьева, в село Афинеево, к новопостроенной церкви Усекновения главы Иоанна Предтечи; пошлин 8 алтын 2 деньги взято». В апреле 1712 г. по указу Великого государя и по помете на выписке казначея иеромонаха Антония, велено: новостроенной церкви Иоанна Предтеча, которую построил Михаил Протасьев в Московском уезде, в вотчине своей в сельце Афинееве, на попа с причетники дани положить, по сказке человека его, с дворов: с попова, с дьячкова, с просвирницына, с одного вотчинникова с 30 крестьянских средних, пашни с церковные земли с 10 четвертей, с сенных покосов в 30 копен, по указной статье рубль, 3 алтына, 3 деньги, и те данные деньги велено имать с нынешнего 1712 года. Апреля в 20 день на нынешний год принял Стефан Турченинов; платил человек г. Протасьева Василий Туманов». В приходных окладных книгах Казенного Приказа за 1713-40 гг. церковь Иоанна Предтечи писалась под Загородскою десятиною.
После Михаила Алекс. Протасьева его дочь Любовь Михайловна село Афинеево, доставшееся ей по разделу с матерью ее Феклою Афанасьевной, продала в 1761 г. жене Ивана Михайловича Волынского – Анне Семеновне. В 1779 г. оно перешло к их родному внуку Захару Егоровичу Волынскому по разделу с его родною сестрою Александрою, женою князя П.А. Прозоровского, после их отца Егора Ивановича Волынского и матери их Анны Андреевны.
Холмогоров В.И., Холмогоров Г.И. «Исторические материалы для составления церковных летописей Московской епархии». Выпуск 3, Загородская десятина. 1881 г.
