Село Афанасьево в старину входило в состав дворцовой волости с центром в Александровской Слободе, присёлком которой оно и было. Под 1628 год в патриарших окладных книгах значится «церковь Воскресение Христово в с. Офонасьеве в слобоцком присёлке». Церковь Воскресения стояла до 1803 года. В 1803 году по благословению преосвященного Ксенофонта, епископа Владимирского и Суздальского, на средства прихожан была построена ныне существующая каменная церковь Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. Кроме главного престола, в храме был тёплый придел, в трапезной, святителя Николая Мирликийского Чудотворца. В советское время (в 1930-х гг.) храм был закрыт, разрушена колокольня. В 1999 году на сельском сходе жители решили начать восстановление.
В приход храма села Афанасьево входили д. Новинки, в которой была часовня в честь Архангела Михаила, и д. Наумово, где была часовня Казанской иконы Божией матери (из книги протоиерея Олега Пэнэжко «Храмы г. Александрова и окрестностей», 2003 г.). В обиходе — Иоаннобогословская церковь. Кирпичная церковь в стиле провинциального классицизма. Колокольня разрушена в 1964 году. Церковь требует реставрации, с 1999 года открыта, служатся молебны.
Любопытная история описывается в книге А. Головкина и М. Попова «Церковь в наши дни» (Иваново, 1930). «В Александровском районе имел место другой, еще более дерзкий прием борьбы с безбожниками. Церковный совет с. Афанасовского пустился на провокацию. Он подал заявление в Адмотдел о своем желании закрыть церковь с просьбой разрешить ему устроить антирелигиозную лекцию в церковном помещении и прислать лектора из райсовета безбожников. Доверчивый Адмотдел выдал разрешение, а Райсовет СВБ послал своего лектора. Когда же лектор приехал в село, оказалось, что вместо антирелигиозной лекции было проведено за 2 часа до открытия лекции собрание верующих по вопросу о ремонте церкви и постановлено собрать по 1 рублю со двора. Никакой лекции, конечно, не состоялось и церковники вовсе не намерены были закрывать церковь, они просто обманули советскую власть» (с. 78). Можно предположить, что события разворачивались несколько по-другому. Вероятно, заявление от имени верующим было написано местными властями и активистами-безбожниками с целью закрыть храм, верующих же предполагалось поставить перед уже свершившимся фактом. Но оперативные действия последних сорвали подобные планы.
// Ершов А.Л. Церковь на земле Владимирской в 1930-е годы. — Владимир: Калейдоскоп, 2011. – 322 с. ISBN 978-5-88636-046-2 С. 34
Село Афанасьево находится в 124 верстах от губернского города и в 4 верстах от уездного. Афанасьево в старину входило в состав дворцовой волости, центром которой служила Александрова слобода, нынешний город Александров. Церковь в селе, или как тогда называли, приселке Афанасьевском существовала уже в начале XVII ст. Под 1628 г. в патриарших окладных книгах значится «церковь Воскресение Христово в селе Офонасьеве в слобоцком приселке…». В 1654 г. церковь платила дани 1 руб. 25 алтын 2 деньги, а в 1746 г. – 2 руб. 16 коп.
Церковь этого наименования существовала в Афансьеве до 1802 г. В этом же году с благословения преосвящ. Ксенофонта, епископа Владимирского и Суздальского, на средства прихожан построена каменная церковь, которая существует и в настоящее время. Престолов в церкви два: в холодной – во имя св. апост. и еванг. Иоанна Богослова, а в теплой – во имя св. Николая чудотворца.
Утварью, ризницей, св. иконами и богослужебными книгами церковь снабжена достаточно. Церковные документы хранятся в целости, копии с метрических книг с 1781 г., исповедные росписи с 1824 г. Причта по штату положено: священник и псаломщик. На содержание его получается: от служб и требоисправлений до 500 руб., от земли – до 100 руб., от хлебного сбора – до 100 руб., а всего – до 700 руб. Дома у причта собственные, на церковной земле.
Земли при церкви: усадебной 900 кв. саж., пахотной 28 дес., сенокосной 6 дес. 405 кв. саж.; план и межевая книга на эту землю имеются. Приход состоит из села Афанасьева и деревень: Дичкова, Новинок, Наумова, Степанькова, Жукова и Колпакова, в коих по клировым ведомостям числится 560 душ муж. пола и 576 жен., все православные.
В дер. Наумове есть часовня в честь Казанской иконы Божией Матери, в деревне Новинках – в честь Архангела Михаила; время и повод их основания неизвестен. В селе Афанасьеве есть земская народная школа.
В.Г. Добронравов, В.Д. Березин «Историко-статистическое описание церквей и приходов Владимирской епархии» выпуск 2. Губ. гор. Владимир, Типо-Литография В.А. Паркова, 1895 г.