Благотворительная деятельность Александра Михайловича Сибирякова была направлена главным образом на развитие просвещения и культуры Сибири. Самое известное его пожертвование — в 1878 году первому сибирскому университету в Томске. Цифры в открытых источниках разнятся от 169000 до 200000 рублей. За этот вклад Сибиряков был награждён орденом Святого Владимира III степени. В 1904 году Сибиряков вместе с Д. И. Менделеевым был избран в почётные члены Томского университета.
В 1883 году Сибиряков выделил Академии наук 10 000 рублей. На проценты с этой суммы раз в три года должна была присуждаться премия за лучшее историческое сочинение о Сибири. В 1898 году эта премия была передана Императорской академией наук в распоряжение Томского университета, которая присуждалась через каждые три года за оригинальные, на русском языке, исторические сочинения о Сибири, а именно, такие, которые имеют своим предметом или общую историю всего этого края, или отдельных его частей, а также историю сибирских племён, гражданского быта, древностей, промыслов, просвещения и т. д. К соисканию премии допускались также и сборники исторических документов, впервые извлечённых из архивов.
